《末日进化》通过多层级环境互动系统提升沉浸感。基础环境包含可破坏的建筑结构、随机生成的洞穴和可攀爬的变异植物。玩家可使用火把驱散洞的低级变异生物，或通过投掷化学试剂引爆沼泽区的酸性池。游戏引入'环境叙事'机制，例如在废弃医院中通过破碎的病历和墙上的涂鸦逐步解锁病毒起源故事。动态生态系统方面，动物会根据污染程度进化形态，如普通野兔变异为带刺的毒刺兔，而鱼类在污染水域进化出发光触手攻击入侵者。天气系统不仅影响视野，还触发特殊事件：暴雨会淹没低洼区域并释放水下生物，而极寒天气使金属装备加速腐蚀。地图中隐藏的'生态实验室'允许玩家收集样本进行危险实验，可能导致不可逆的基地污染后果。